Fondée en mars 2000 par Benoît Desjardins, qui comptait plus de 20 ans d'expérience dans le domaine de la fenestration, l'entreprise a su se démarquer dès sa création. Installée tout d'abord dans des locaux de 1600 pi2, à Val-David, sa croissance constante l'a menée à déménager, en décembre 2005, dans un endroit beaucoup plus spacieux de 10 000 pi2, à Sainte-Adèle dans la région des Laurentides en bordure de l'autoroute 15.
Depuis ce temps, l'entreprise, qui poursuit sa croissance, a dû, en novembre 2008, se doter d'un entrepôt de 7000 pi2. Cette fulgurante ascension a fait de Fenexco le plus important détaillant de portes, de fenêtres et de quincaillerie architecturale indépendant au Québec.